モナーク: レガシー・オブ・モンスターズ

1959年、ビル・ランダとケイコ・ミウラはモナークのリー・ショウ大佐とともにカザフ共和国の放射能を調査する。現地の少年は、放射能は政府が掘った「地獄へ届く穴」を隠すためのまやかしだと言う。ビルとケイコは廃原子炉の付近で放射能がゼロになり、地下に空洞があることを知る。穴の中には昆虫型ムートー(Massive Unidentified Terrestrial Organism)の無数の卵がある。ケイコとリーは卵から遺伝子標本を採取しようとするも、多数のムートーが孵ってケイコを穴に引きずり込む。

1973年、髑髏島でビルはバンブー・スパイダーと蟹型のムートーの戦いに巻き込まれ、鞄を海に落とす。

2013年、ビルの鞄が日本海で発見される。

2014年、サンフランシスコをゴジラが襲い[注釈 2]、教師のケイト・ランダの目の前で生徒たちを乗せたスクールバスが奈落に落ちる。ケイトの父のヒロシはアラスカでの飛行機事故で死んだとされる。

1952年、アメリカ陸軍のリー・ショウ少尉はフィリピンで異常な放射能を調査するケイコ・ミウラの護衛を命じられる。ジャングルで二人はドラゴンの伝説を追う未知動物学者のビル・ランダに出会う。リーと別れたケイコとビルは調査を続け、ジャングルの中でビルが戦争中に勤務した駆逐艦ロートン号[注釈 3]の残骸を見つける。二人は船内で死体を見つけ、怪獣イオン・ドラゴンに襲われる。リーが戻って二人を救い出す。

1954年、リーはモナークを指導する地位についている。リー、ビル、ケイコはゴジラを誘き出すため、大量のウラニウムを用意するようパケット将軍に求める。将軍は3人を裏切り、ビキニ環礁でのキャッスル・ブラボーの一環としてゴジラを誘き寄せた後に原爆を起爆する。ケイコは阻止しようとするもリーが抑える。パケット将軍は、怪獣を調査する無制限の予算をリーに与える。

2013年、ケンタロウは初の展覧会の会場前でメイに出会い、一夜を過ごす。その日が失踪前の父ヒロシと会った最後となる。

2014年、ケイトは同僚の女性教師ダニと恋愛関係にありながら別の女性に浮気をする。そこにゴジラが出現し、ケイトの目の前で生徒たちを乗せたバスは海に落ちる。

2015年、モナークの副長官ヴェルデューゴは救出した4人からヒロシの活動について何も聞き出せない。モナークはリーが90代に見えないことを訝る。デュヴァルの示唆でリーを除く3人は解放される。3人はサンフランシスコに行き、ケイトの母のキャロラインとその同僚のジェームズに頼み、ゴジラに破壊されたのち米連邦緊急事態管理庁の封鎖する保安区域内のヒロシのオフィスに行く。ケンタロウは残された地図からヒロシがアフリカに向かったと推測する。メイは密かにデュヴァルに連絡を取り、協力する代わりに家に戻してくれと頼む。

1955年、リーとケイコは舞踏会に出て互いに魅かれ合う。ビルが二人をモナークに呼び出し、日本の科学者スズキ博士が怪獣を誘き出すガンマ線シミュレーターを開発したと伝える。リーは予算申請のために残るが、ビルとケイコは日本でスズキ博士の実験に立ち会う。パケット将軍の意志に反し、ケイコを愛するリーも遅れて日本に行く。ゴジラが出現して装置を破壊する。3人がアメリカに戻ると、モナークの指揮権はリーから取り上げられている。

2012年、メイ（本名コーラ・マテオ）はAET(Applied Experimental Technologies)社にスカウトされる。残酷な動物実験が行われていることを知り、メイはハッキングにより研究結果データを破壊し、偽名で日本へ逃げる。

1955年、モナークの指揮権を握ったハッチ少佐は怪獣の存在を疑って研究を閉鎖しようとする。ケイコが侮辱されたため、ビルはハッチに襲い掛かる。ビルは、怪獣が地下の空洞を移動している仮説を立てる。ケイコがヒロシを育てる未亡人であると知り、ヒロシを養子にしたいと言う。リーは研究を守るため、パケット将軍にゴジラが原爆を生き延びたことを直訴する。

2015年、リーとデュヴァルは1959年にケイコが失踪したカザフスタンの廃原子炉に来る。ケイト、ケンタロウ、メイ、ティムもカザフスタンに来る。リーはケイトに、空洞世界を表面世界から切り離してゴジラを救うつもりだと打ち明ける。リーが爆弾を起爆すると怪獣が出現し、メイ、ケイト、リーは亀裂に落ちる。

1962年、カンザスシティで、リーは地下の空洞を探検するアワーグラス作戦に志願する。スズキ博士の装置が怪獣を誘き出して亀裂を開き、リーら隊員を乗せたカプセルは降下し連絡を絶つ。地上に残ったビルは、パケット将軍から人命損耗を考慮してモナークへの予算支出を停止すると告げられる。隊員たちは地上世界と空洞世界の中間の世界軸に着くも、怪獣が隊員たちを殺しリーは吸い出される。

1982年、リーは日本のモナークの医療施設で目覚める。看護婦のエミコを人質に取り、ビル・ランダに会わせろと要求する。大人になったヒロシがリーに会い、ビルは死んだと告げる[注釈 3]。リーは出雲の山中で発見され、モナークは怪獣とは関わらないことにしたと話す。 リーはモナークの施設で監視され、2014年の怪獣出現を迎える。

ケイコはガンマ線シミュレーターを用い救難信号を発したとケイトに言う。2人はメイとリーに再会する。ケイコは世界軸で時間がゆっくり流れるために外の世界が既に2015年であり、ビルが亡くなっており[注釈 3]、ケイトが孫だと聞いて驚愕する。リーとケイコはガンマ線シミュレーターをアワーグラス作戦のカプセルに接続して地上世界に戻ろうとするも、イオン・ドラゴンを誘き寄せてしまう。リーはカプセルを出て外れたケーブルを繋ぎなおす。そこにゴジラが現れてイオン・ドラゴンと戦う。ケイコ、ケイト、メイを乗せたカプセルはリーとゴジラを置き去りにして浮上し地上世界に戻る。ヴェルデューゴが怪獣対策を優先して救難信号の調査にリソースを使おうとしないため、ティムはモナークを辞めてヒロシとケンタロウに救難信号のことを教える。3人はエイペックス・サイバネティックス社に助けを求める。