熊本都市バス上熊本営業所

• U4-1/G3-1・G3-2 城西校北 - 城西校前 - 西山中学前 - 新町 - 中央郵便局前 - 桜町BT - 水道町 - 熊本整形外科病院前（旧：大江4丁目←旧：森都病院前←旧：NTT病院前） - 県立劇場 - 開新高校前 - 水前寺駅北口
  • 県立劇場方面行および同方面から桜町BT止まりはG3-1またはG3-2、城西校行および同方面から桜町BT止まりと水道町行きはU4-1を表示する。

• B1-2 桜町BT - 壺井橋 - 県立体育館- 本妙寺前- 花園校前- 柿原公民館前
  • 夜のみ、柿原公民館発で本妙寺電停前止まりがある。

• F4-1・F4-2 上熊本駅前 - 京町本丁 - 坪井横町 - 子飼橋 - 大江渡鹿 - 県立劇場前 - 渡瀬 - 競輪場前 - 京塚 - 自衛隊通り - 昭和町
  • 昭和町周辺は一方向の循環。第二高校前→自衛隊病院前→昭和町（始発あり）→東本町（終点）→東区役所→第二高校前の順である。
  • 一部熊本市民病院を経由する系統あり（熊本市民病院経由はF4-2、それ以外はF4-1）

• K6-0 上熊本駅前 - 県立体育館 - 壺井橋 - 市役所前 - 味噌天神 - 県庁前 - 県会議事堂前
• K1-2 上熊本駅前 - 県立体育館 - 壺井橋 - 市役所前 - 味噌天神 - 県庁前 - 動植物園西口
  • 桜町BTは経由しない。この他に、小峯営業所系統（J1-1）があるが、こちらは小峯営業所が担当。上熊本営業所が担当するこの系統は、上記方向のみの運行である。

• B1-1 桜町BT - 市役所前 - 壺井橋 - 県立体育館 - 上熊本駅前 - 上熊本営業所
• U1-1 桜町BT - 市役所前 - 国立熊本医療センター（旧：国立病院前） - 段山 - 上熊本駅前 - 上熊本営業所

• O1-0 熊本駅前 → 五福校前 → 新町 → 上熊本駅 → 子飼橋 → 大江渡鹿 → 熊本整形外科病院前 → 大学病院前 → 本山営業所 → 熊本駅前
• O2-0 （O1-0と逆方向）
  • 平日のみ担当する。

• W1-1/H1-1 荒尾橋 - 桜町BT - 味噌天神 - 熊高正門 - 保田窪入口 - 帯山 - 県立大学前 - 日赤病院 - 長嶺団地 /小峯営業所
• W2-1/H2-1 荒尾橋 - 桜町BT - 味噌天神 - 水前寺駅前 - 保田窪入口 - 帯山 県立大学前 - 日赤病院 - 長嶺団地/小峯営業所
  • 方向幕の行先表記は、桜町BT・荒尾橋行きは「桜町・荒尾橋」、長嶺団地行きは「日赤・長嶺」、小峯営業所行きは「日赤・月出」）

旧・川尻帯山線

• H3-1 桜町BT - 県庁西門通り - グランド（水前寺運動公園）前 - 帯山 - 県立大学前 - 日赤病院 - 長嶺団地/小峯営業所
• H3-3/H3-4 桜町BT - 県庁西門通り - グランド（水前寺運動公園）前 - 帯山 - 鉄工団地前 - 日赤病院北口 - 託麻南
• H3-4 桜町BT - 県庁西門通り - グランド（水前寺運動公園）前 - 帯山 - 県立大学前 - 日赤病院 - 託麻南
  • 託麻南系統の日赤病院経由は上記方向のみの運行。
  • 方向幕の行先表記は、長嶺団地行きは「日赤・長嶺」、小峯営業所行きは「日赤・月出」

植木循環ルート

• YY 道の駅すいかの里 植木 - 北区役所 - 植木 - 田原坂ニュータウン
• YY 植木駐車場 - 北区役所 - 植木 - 田原坂ニュータウン
  • かつて運行開始時（熊本市政令都市移行後）より運行車両は元々当社所有でありつつ、実際の運行は2017年度までは熊本電鉄バスに委託していたが、2018年度以降は当営業所による自社運行に変更された。

• A1-1 桜町BT - 市役所前 - 京町本丁 - 池田2丁目（旧：NTT研修センター前） - 富尾団地（崇城大学入口）
• A1-1 富尾団地（崇城大学）/池田2丁目（旧：NTT研修センター前） - 京町本丁止め（夜のみ）
  • かつてはNTT研修センター（現：池田2丁目）での折返し便も存在したが、2015年4月より全ての便が富尾団地まで延伸。
  • 2021年4月1日より熊本都市圏における路線バス5社共同経営化の一環により、同日を以って九州産交バスへ路線移譲。