ウィリアム・ストートン

フィップスが到着した時、特にセイラムで魔女に関する噂が広まっていた[19]。フィップスは即座に魔女と告発された者達を扱う特別法廷の首長にストートンを指名し、6月には植民地裁判所の首席判事に指名した。ストートンはこの地位を終生保つことになった[20][21]。悪名高いセイラム魔女裁判で、ストートンは首席判事と検事の双方を務めた。被告のある者については特に厳しく、レベッカ・ナースが無罪と判断されたときは陪審員に再検討するよう言い渡した。その後レベッカは有罪となった[20]。ストートンが霊的証拠の利用を認めたために多くの者が有罪とされた。それは、悪魔とある種の盟約を交わした、あるいは魔女と関わった者には悪魔の姿が形になって表れるという考え方だった。コットン・マザーが、このような証拠は告発をするときに認められると論じたが、判事の中には司法手続きでそれを使うことについて疑問を呈する者がいた[22]。しかしストートンはその受け入れを確信しており、この見解について他の判事に影響を与えた可能性がある[23]。この特別法廷は1692年9月に開廷を止めた[24]。

1692年11月と12月、フィップス総督は植民地の司法体系再編を監督し、イングランドのやり方に合わせるようにした。新しい裁判所で、ストートンはやはり首席判事を務めており、1693年の魔女裁判の扱いを始めたが、フィップスからは霊的証拠を無視するよう特別の指示を受けていた。このために、かなり多くの事件が証拠不足のために無罪となり、フィップスは既になされていた有罪判決の幾つかを無効にした[24]。事態のこの展開にストートンは怒り、抗議のために短期間は判事の職を務めなかった[20]。歴史家のセドリック・カウイングは、ストートンが霊的証拠を受け入れたことは、植民地でピューリタンの権限を再度主張する必要性があると考えたことに一部拠っていると示唆している[23]。同僚のサミュエル・スーワルは後に魔女裁判で法廷にあっての行動を後悔したが、ストートンはそのスーワルとは異なり、霊的証拠に関わるその行動や信念、さらには裁判そのものが誤りだったと認めることは無かった[25]。

ストートンは魔女裁判に加えて、1869年に起こったウィリアム王戦争に対する植民地の対応を監督することになった。当時は現在のメイン州を含んでいたマサチューセッツは、ヌーベルフランスとの戦争の最前線にあり、北部フロンティアの町がフランスとインディアンからの襲撃でかなりの被害を蒙った[26]。フィップス総督はしばしばメインに行ってそこの防御物建設を監督したので、ストートンはマサチューセッツに残って諸般の事情を監督することになった[27]。そのような総督不在の間に、例えばストートンは、同様に襲撃で破壊されていた隣接するニューハンプシャー植民地を守るための小さな民兵隊立ち上げに責任があった[28]。1694年初期、フィップスが職権乱用という告発に答弁するためにロンドンに呼び戻された。フィップスが出発したのは11月になってからであり、その後はストートンが総督代行となった。フィップスは1695年初期にロンドンで死亡した。まだフィップスに対する告発に対して審問が行われる前のことだった[29]。

ウィリアム・フィップス卿、1692年から1694年のマサチューセッツ総督

ストートンは自身を急場の世話人と見ており、王室が新しい総督を指名するまで政府を運営した。その結果、植民地議会にかなりの程度で自治権限を与えることになり、その慣習ができると後の総督と議会の関係が複雑になった。植民地の政策を実行するために、比較的活発な手段も採っており、ロンドンからの指示に従うためには最小限のことをしただけだった。植民地の役所の評論家は、ストートンが「良き学者だ」と見たが、「航海法を執行するには適していなかった」とも見ていた[30]。

1695年、ストートンはアカディアからフランスが繰り出す私掠船の行動に抗議した。私掠船はニューイングランドの漁船や商船の船隊に大損害を与えていた[31]。その行動に反撃するために、ベンジャミン・チャーチがアカディアに対する襲撃隊を組織することを認めた。チャーチが遠征のために兵士を募集しているときに、ヌーベルフランスの総督フロンテナック伯爵ルイ・ド・ボードがメインのペマキッドにあったイングランド人砦を標的とする遠征隊を組織した。チャーチがまだ出発していなかった1696年8月に、ペマキッド砦が奪われ破壊されたという報せが入った[32]。ストートンがチャーチに出した指示はある程度曖昧なものであり、チャーチはファンディ湾の奥にあるボーバッサンを襲撃した以外ほとんど何もせずにボストンに戻ってきた。。チャーチが戻って来る前に、ストートンは第2の小さな遠征隊を組織し、セントジョン川沿いのナッシュワーク砦を包囲させたが、不首尾に終わった。これら遠征の失敗により、植民地の武力の不適切さを際立たせることとなり、マサチューセッツ議会はロンドンに救援を要請した[33]。

1697年のレイスウェイク条約でフランスとイングランドの間に和平が戻ったが、北方のアベナキ族インディアンに関わる問題は何も解決しなかった[34]。その結果、フロンティアでは緊張関係が続き、漁場に関して、またニューイングランド人が魚を乾すためにアカディアの土地を使うことに関する議論が続いた。ストートンとアカディアの総督ジョセフ・ロビノー・ド・ビルボンは1698年にこの問題に関する非難や脅迫を応酬した。ビルボンはマサチューセッツの船舶を捕捉し、アカディア領土に残された資産を押収すると脅したが、それを実行するに足る資源を持っていなかったので、大部分は空脅しだった[35]。ストートンはロンドンに外交的援助を要請し、それで幾らか緊張関係を和らげることができた[36]。

ストートンは1699年まで総督代行を続け、一方で首席判事も務めていた。ベロモント伯が総督となった短期間に副総督として残り、ベロモント伯が1700年に去った後には再度総督代行を務めた。しかしその頃には健康を害しており、その最晩年にはほとんど特筆すべきことを残せなかった[37]。

ブラトル通り教会、1859年

ハーバード・カレッジの法人としての存在は、カレッジの認証が依存する植民地認証が1684年に撤回されたことで混乱させられることになった。1692年、植民地議会はこのカレッジに対する新しい認証を与える法を成立させたが、貿易省が1696年にその法に拒否権を発動し、カレッジの存続が再度危うくなった。当時総督代行だったストートンはカレッジの統治に関して暫定的な手配を行い、その間に議会が新しい認証作成に動いた[38]。最終的にハーバードの認証問題は1707年になって解決され、1650年の認証が復活した[39]。

ハーバードの支配人たちの派閥間で宗教と政治の意見が食い違ったことは1690年代に後半に大きく問題にされた。当時ハーバード学長だったインクリース・マザーは神学的に保守であり、多くの支配人が中庸な見解を持っていたのとは対照的であり、この時代にカレッジの運営を巡っての闘争が始まった[40]。この分裂は最終的には1698年のブラトル通り教会設立に繋がり、マザーやその息子であるコットンが提唱する極度のピューリタン慣習のあるものからはっきり距離を置く綱領を採用した[41]。ストートンと植民地における宗教や政治で著名な多くの人物が論争に立ち入って怒りを冷まし、植民地の信教的寛大さにたいする姿勢を強化した[42]。その結果得られた和平によって父のマザーが新しい教会の奉納式に参列することになった[43]。