グレイトバトル フルブラスト

カスタムサウンドトラックを実装したシステム。メモリースティックにサウンドトラックフォルダを作成、キャラクターBGM・ステージBGM・ボス戦BGMの音楽を差し替えることが可能。

第1作同様、プレイアブルキャラクターは6人存在するが、ゲーム開始時に使用できるのは3人で、残りの3人はシナリオを進めていくことで使用可能になる。

遠距離攻撃がメインで、空中でブースト移動が可能。ジャストガードに成功すると敵の攻撃を跳ね返す。怪獣系の敵と相性が良く、怪人系の敵と相性が悪い。

『機動戦士ガンダムSEED』

フリーダムガンダム

必殺技：ハイマットフルバースト

ガンダムプラネットに住むヒーロー。作中では一貫して「フリーダム」と呼ばれる。他のキャラクターに比べると接近戦に弱い。だが豊富な射撃武器を持ち、広範囲で複数の敵に大ダメージを与えることが出来る「ハイマット・フルバースト」が使用可能。

『機動戦士ガンダム』

ガンダム

必殺技：フルウェポンコンビネーション

レジェンドヒーロー三人集の一角。ガンダムハンマーやビームサーベルでの攻撃など、接近戦も得意。

近接攻撃がメインでコンボを繋ぎ易い。ジャストガードに成功するとカウンター攻撃が発動する。モビルスーツ系の敵と相性が良く、怪獣系の敵と相性が悪い。

『仮面ライダーディケイド』

仮面ライダーディケイド

必殺技：ディケイドアサルト

本作に最初に登場するプレイアブルキャラクター。世界を渡る能力を持つ。

『仮面ライダー』

仮面ライダー1号

必殺技：電光ライダーキック

レジェンドヒーロー三人集の一角。巧みなバイク捌きで敵を翻弄する。

遠距離・近接共にバランスが良く、空中でのホバリングも可能。ジャストガードに成功すると体力を回復する。怪人系の敵と相性が良く、モビルスーツ系の敵と相性が悪い。

『ウルトラマンメビウス』

ウルトラマンメビウス

必殺技：ブレードオーバーロード

ウルトラプラネットのルーキー。真面目で先輩思いな好漢。抱きついて敵を爆破する技を持つ。

『ウルトラマン』

ウルトラマン

必殺技：スペシウム光線

レジェンドヒーロー三人集の一角。投げ技を得意とし、重量級の敵をも軽々と放り投げてしまう。

ステージ中で呼び出すことで様々なサポートを行なってくれる。最大4人までセット可能でステージを進めるごとに増えていく。備考に◎があるキャラクターは、本作で仮面ライダーディケイドが変身できるライダー。

下記の他、ザクII（F型・指揮官用S型および陸戦用J型）、量産型キュベレイ、バクゥ、サイコガンダムが登場する。

ジオング

ジオン・ザフト連合軍の総帥。性格は機動戦士ガンダムのジオン軍総帥ギレン・ザビをモチーフにしている。優性学説を唱え、従わない種族を弾圧する。

第4章ガンダムルート『終末の光』では、巨大レーザー兵器『ジェネシス』を投入してくる。

ディン（ラウ・ル・クルーゼ専用機）→ プロヴィデンスガンダム

フリーダムの宿敵であるジオン・ザフト連合軍幹部。他にも第2章からはディン(一般機)が雑魚敵として登場する。

ジオング亡き後の軍を率い、紫水晶の力でプロヴィデンスガンダムに強化される。

デュエルガンダム アサルトシュラウド

ジオン・ザフト連合軍幹部。第2章ガンダムルート『偽りの平和』では中ボスとしてフリーダムの前に立ちふさがる。

ビグ・ザム

ジオン・ザフト連合軍幹部。ガンダムの何倍もの巨躯を誇る。第4章ガンダムルート『終末の光』ではメガ粒子砲でガンダムを攻撃する。

シャドームーン

大ショッカーの最高幹部。性格は劇場版仮面ライダーディケイドに登場した月影ノブヒコをモチーフにしている。

アポロガイスト → スーパーアポロガイスト

ディケイドの宿敵にして大ショッカーの大幹部。性格は仮面ライダーディケイドのガイをモチーフにしている。

戦死したシャドームーンに代わって組織のトップに付き、紫水晶によってファンガイア化する。

ショッカーライダー

第4章ライダールート『対決！大ショッカー』に登場し、1号とバイクチェイスを行う。

ほかにも、雑魚敵として戦闘員（骨、赤）、ライオトルーパー、クモ怪人、ワーム、モールイマジンが登場する。

仮面ライダーディエンド

本作のトリックスターとして登場。ある時はヒーロー連合に協力し、ある時はヒーロー連合と敵対するが、最終章では彼の行いにより驚くべき事態が訪れる。

第2章ライダールート『大ショッカー襲来!』ではコロシアムでディケイドに宣戦布告。RXとキバを召喚し、襲いかかる。

下記の他、バルタン星人（初代および二代目）、バキシム、ベムスター、ボガール、インペライザー、ブルトンが登場する。

エンペラ星人

怪獣軍団を束ねる宇宙の皇帝。戦闘時には一切の移動をせず、その場から炎を噴き出したり、ビームを放ったりしてくる。

巨大ヤプール → Ｕキラーザウルス・ネオ

メビウスの宿敵でエンペラ星人の部下として登場し、タイラントやメビウスキラーといった凶悪怪獣を解き放つ。

エンペラ星人消滅後に台頭し、紫水晶の力を吸収してＵキラーザウルス・ネオに変貌する。

ゼットン

エンペラ星人の部下怪獣。第4章ウルトラルート『絶望の暗雲』でウルトラマンと対決する。