第1回日本フットボールリーグ

• 年間3回総当り、1チーム24試合（全108試合）を行い、勝ち点により順位を決定する。所属チーム数が奇数のため、1節に1チームが試合の無い状態となる。よって全27節により行われる。全27節を9節ごとに3つのステージに分け、それぞれのステージ内の順位によって後述の強化費の支給及び天皇杯の出場権が与えられる。従って、ホームゲームは12試合であるが、対戦によって同じカードのホームゲームが2回行われた試合がある。
• 試合は前後半90分で決着がつかなければVゴール方式の延長戦を行い、それでも決着がつかなければ引き分けとなる。90分終了時点での勝利には勝ち点3、延長勝ちには勝ち点2、引き分けには勝ち点1、敗北には勝ち点0が与えられる。
• Jリーグ参入の成績面の条件は年間順位2位以上。その上でJリーグ臨時理事会の承認を得られれば次年度からJ2に参入することができる。
• 地域リーグへの降格に関する規定はなし。

第1ステージ終了時の上位3チームに第79回天皇杯の出場権が与えられる（ただし準会員の横浜FCと大学チームである国士舘大学を除く）。

各ステージごとの上位チームに以下の強化費が支払われる。

• 1位-150万円
• 2位-100万円
• 3位-80万円
• 4位-50万円

1999年11月16日に開催された日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）の理事会において3位の水戸ホーリーホックのJリーグ加盟が全会一致で正式に承認された。なお本来のJ2昇格の成績上の条件は2位以上であるが、1位の横浜FCが準会員であるため、正会員8クラブの中で第2位であることを考慮してJ2昇格が認定された[1]。

全国地域リーグ決勝大会で優勝したアローズ北陸と準優勝した栃木SC、全国社会人サッカー連盟の推薦により教育研究社、全日本大学サッカー連盟の推薦により静岡産業大学がそれぞれJFLへ昇格した。

横浜FCはこの年「準会員」としてJFLに参加していた。次年度については「4位以上で正会員、5位以下なら全国地域リーグ決勝大会に参加し、そこから改めてJFL昇格を目指す」ことになっていたが、優勝したため正式にJFLに参加することとなった。

出典：[2]

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1999年9月7日

JFL選抜	3 - 2	ガーナオリンピック代表
片岡功二  -分, -分 高橋隆  -分		Razak  -分 Amadu  -分

観客数: 35,000人

この結果、JFL選抜がバンガバンドゥカップの初優勝を果たした。