杉本町駅

のりば	路線	方向	行先
1	R 阪和線	上り	（通過列車のみのため閉鎖）
2	阪和線	上り	天王寺・大阪方面[10]
3	R 阪和線	下り	（通過列車のみのため閉鎖）
4	阪和線	下り	鳳・関西空港・和歌山方面[10]

• 奇数番線（1・3番のりば）が本線、偶数番線（2・4番のりば）が待避線であるが、2006年7月29日付で1・3番のりばにステンレス製の安全柵が整備された。現在停車列車はすべて2・4番のりばを使用している。

西側から1番線（上り本線）、2番線（上り待避線）、3番線（下り本線）、4番線（下り待避線）、5番線（阪和貨物線）となっている。

阪和貨物線へ送り込むための待避線である6番線が駅の南側の上下線の間にあり、駅構内の上り待避線の2番線へとつながっている。かつては、駅南の踏切辺りでバラストによって2番線につながる部分が塞がれており（天王寺方面からの杉本町行きの列車に対する安全側線の意味もあった）、待避線は阪和貨物線のためだけに使われていた。しかし、関西空港線の開業に合わせてバラストは撤去され、阪和貨物線に入る列車がいない時は6番線経由で2番線に入るようになった。これにより、僅かではあるが普通列車の待避時間が短縮された。踏切部分にあるポイントは、6番線 - 2番線間をバラストで塞いでいた当時の名残であり、現在でも線路磨きを兼ねてこのポイントを通る列車がある。なお、6番線から5番線へのポイントはすでに使用停止になっており、5番線も阪和線から分かれる辺りに簡易な車止めが設置されている。

かつては天王寺寄りに上下渡り線があったが、高架工事を機に撤去された。

• 
  駅ホーム。一番右側の線路は阪和貨物線。
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  手前が阪和貨物線、奥の踏切は阪和線。

駅の北側に杉本町北一と北二、南側に杉本町南一踏切があり、国土交通省から開かずの踏切に指定されている[11][12][13]。2004年に阪和線美章園駅 - 我孫子町駅間の上り線（天王寺方面）が、2006年には下り線も同区間で高架化されたが、着工当時は関西本線貨物支線（阪和貨物線）に列車が走っていたため、杉本町駅の高架化は見送られた[9]。しかしその後、大阪市が主体で立体交差化の着手を進める予定となった[14]。

東口（2016年8月25日）

工事中の東改札口

前述の通り、この駅の改札口は西側にしかなく、大阪市立大学（現大阪公立大学）など駅の東側に行くには前述の踏切を渡らなければならなかった。停留場としての開業当時は東側（大阪市立大学がある側）に改札口が設けられたが、第二次世界大戦後にGHQが大阪市立大学を全面接収すると、セキュリティ上の理由から現在の位置に改札口が移設された[9][15]。MBS『VOICE』の「憤懣本舗」ではGHQの時代で話が終わっているが、昭和30年頃に国鉄が改めて東側に改札を開設しようとしたところ、今度は西側出口周辺の商店街店主を中心とした反対活動が起こり、国鉄側も設置に消極的な状況が続いていた。

2008年7月「JR杉本町駅東口設置推進の会」が大阪市立大学の教員有志や地域自治会の賛同者などで設立され、以後活発な東口設置運動が展開された。数度にわたるシンポジュウムで理解を深め賛同者を増やし、バリアフリー法による住民提案を行ったが大阪市の受け入れるところとならず、推進の会を中心とする東口設置に関する協議会が作られ、地域住民も一体になって1万3千名にもの署名を集めるなど、危険な踏切を渡らずに駅東側への安全な東口設置への促進が強力に行われ、2011年6月に東口改札の工事が着工された（着工当時はJR西日本と大阪市は2012年度7月30日を完工予定と発表していた）。

その後、当初発表されていた予定よりも大幅に前倒しされ、2012年3月11日（既存西口のバリアフリー化「エレベータ新設・階段昇降機新設 等」と合わせて）供用が開始された[15]。

この東口開設に伴い、大阪市立大学は「北西門」を新設した（北西門は学生・教職員からの名称募集を行い、のちに「杉本門」と決定される）。また大阪市建設局は東口から杉本町駅南踏切東側（大阪市立大学本館地区側）へのアクセスを改善するため、駅東側に「歩行者用南北通路（住吉区第2564号線）」を着工し、2012年12月19日に開通した[16]。

最寄停留所は杉本町駅前および山之内四丁目となる。以下の路線が乗り入れ、大阪シティバスにより運行されている。

• 65号系統：矢田行基大橋 / 府立総合医療センター

西日本旅客鉄道

関西本線貨物支線（阪和貨物線）

八尾駅 - （久宝寺駅） - 杉本町駅